Theo Sổ tay hướng dẫn dẫn hoàn thuế giá trị gia tăng vừa được Thuế TP. Hà Nội gửi đến người nộp thuế trên địa bàn, thẩm quyền của cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư có sự thay đổi theo hướng căn cứ trực tiếp vào cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT của chính dự án đó. Cụ thể theo 3 trường hợp sau:
Thứ nhất, đối với người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, hoặc Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý, hồ sơ khai thuế được nộp cho cơ quan thuế tỉnh, thành phố nơi có dự án đầu tư.
Thứ hai, trường hợp người nộp thuế có thành lập hoặc giao cho Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án, hồ sơ khai thuế sẽ nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý, chi nhánh hoặc tổ chức kinh tế mới.
Thứ ba, đối với trường hợp không thành lập, hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh hay tổ chức kinh tế mới quản lý, chủ đầu tư dự án sẽ nộp hồ sơ kê khai tại cơ quan thuế quản lý thuế trực tiếp.
Về hồ sơ hoàn thuế GTGT trường hợp xuất khẩu và dự án đầu tư. Theo hướng dẫn của Thuế TP. Hà Nội, đối với trường hợp hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu, thành phần hồ sơ đã được đơn giản hóa đáng kể nhằm giảm thủ tục hành chính cho người nộp thuế.
Theo đó, hồ sơ hiện nay chỉ bao gồm tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn và phụ lục đề nghị hoàn thuế GTGT mẫu 01-8/GTGT.
Người nộp thuế không còn phải nộp giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước mẫu 01/HT, bảng kê hóa đơn chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu 01-1/HT hay danh sách tờ khai hải quan đã thông quan mẫu 01-2/HT như trước đây.
Đối với trường hợp hoàn thuế GTGT dự án đầu tư, hồ sơ bao gồm tờ khai thuế GTGT mẫu 02/GTGT có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn, phụ lục đề nghị hoàn thuế GTGT mẫu 01-8/GTGT và các giấy tờ có liên quan của dự án đầu tư.
Quy định này đã được sửa đổi, bổ sung để phù hợp với thực tế và pháp luật đối với các trường hợp đặc thù như dự án PPP, dự án đầu tư ngành nghề kinh doanh có điều kiện, hoặc dự án đầu tư trong nước không phải cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Đáng chú ý, đối với các giấy tờ có liên quan của dự án đầu tư, người nộp thuế chỉ phải nộp trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên, hoặc khi dự án có sự thay đổi, bổ sung thông tin.
Căn cứ pháp lý của các nội dung sửa đổi này được quy định chi tiết tại Điều 46 Thông tư số 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, người nộp thuế có thể tìm hiểu chi tiết nếu cần.